A bord de l’U.S.S. Enterprise de la fédération des Planètes Unies, l’Amiral James T. Kirk accomplit une mission d’inspection de routine. Il reçoit un appel urgent du laboratoire spatial Regular One. Khan, brillant renégat sur terre au XXème siècle, et vieil ennemi de Kirk s’est emparé d’un dispositif ultra-secret : le projet Genesis…